À l'aube de l'an 2000, plus de 30 ans après les évènements de Gate Keepers, la période de croissance économique et de prospérité au Japon est bel et bien terminée. Avec la criminalité en forte augmentation, l'apparition de problèmes d'environnement et d'écologie, et la perte des valeurs morales, de plus en plus d'être humains ont perdu tout espoir d'un futur radieux. Ceci entraîne l'apparition d'un nouveau type d'envahisseurs : de plus en plus d'hommes totalement déshumanisés rejoignent désormais leurs rangs.
Déclarée hors-la-loi et dissoute depuis plusieurs années, l'AEGIS ne peut plus contenir cette menace. Mais certains de ses anciens membres se sont regroupés, formant une organisation clandestine, l'AEGIS Network, qui lutte contre les envahisseurs en utilisant les pouvoirs surnaturels des Gate Keepers. Parmi eux, Ayane Isuzu, sous les ordres du mystérieux Reiji Kageyama.